マーカーを削除するにはunsetStationMarker()を使います。
全てのマーカーを削除するには、clearstationmarkers()を呼び出します。

var rosen;
var markers = []; // 立てたマーカーを記憶しておく変数

function init() {
  rosen = new Rosen("map", {
    apiKey: "2jr5nchcswemrfjj67jvjaqu",  // アクセスキーはサンプル用です。実際にご利用されるときは書き換えてください。
  });

  var shinbashi = 22751;
  var tokyo = 22828;
  var akasaka = 22486;

  rosen.setStationMarker(shinbashi).then(function(marker) {
    markers.push(marker);  // マーカーを変数に保存
  });

  rosen.setStationMarker(tokyo).then(function(marker) {
    markers.push(marker);  // マーカーを変数に保存
  });

  rosen.setStationMarker(akasaka).then(function(marker) {
    markers.push(marker);  // マーカーを変数に保存
  });
}

function deleteLast() {
  if (markers.length > 0) {
    var marker = markers[markers.length - 1];
    rosen.unsetStationMarker(marker.station.code);
    markers.pop();  // 配列から削除
  }
}

function deleteAll() {
  rosen.clearStationMarkers();
  markers = [];
}

window.addEventListener('load', init);