setSectionPopup()により、 ポップアップを駅間(隣り合う2つの駅の間のこと)に置くことができます。
このサンプルでは、JR横浜線の真ん中の駅間にポップアップを設置しています。
var rosen;

function init() {
  // 路線図初期化
  rosen = new Rosen('map', {
    apiKey: "2jr5nchcswemrfjj67jvjaqu", // アクセスキーはサンプル用です。実際にご利用されるときは書き換えてください。
    zoom: 17,
    consoleViewControl: true,
    center: [29122, 25618, 16]
  });

  var yokohamasen = 123;
  // 横浜線の全駅間を取得
  rosen.getSectionsByLineCode(yokohamasen).then(function(sections) {
    var middle_index = Math.floor(sections.length / 2);   // 真ん中
    var section = sections[middle_index];
    var popup = Rosen.textPopup().setComment("横浜線");

    rosen.setSectionPopup(section.code, popup);
  });

};

window.addEventListener('load', init);