ポップアップもマーカーと同様に、HTMLとCSSで見た目を柔軟にカスタマイズすることができます。

var rosen;

function init() {
  // 路線図初期化
  rosen = new Rosen('map', {
    apiKey: "2jr5nchcswemrfjj67jvjaqu", // アクセスキーはサンプル用です。実際にご利用されるときは書き換えてください。
    center: [61335, 49824, 17],
    zoom: 16,
  });

  // 東京
  var tokyo = 22828;
  var tokyo_popup = Rosen.htmlPopup({
      closeButton: false,   // ☓ボタン非表示
      className: "popup_tokyo", // ポップアップにつけるCSSクラス名
  }).setHTML('<h3>CSSで背景をピンクにしています。</h3><p>下のまちなみくんのポップアップをクリックしてみてください。</p>');
  rosen.setStationPopup(tokyo, tokyo_popup, false);

  // 日の出
  var hinode = 29052;
  var hinode_popup = Rosen.htmlPopup({
      closeButton: false,
      className: "popup_hinode",
      offset: [-20, 140]    // オフセット。ピクセル単位
  }).setHTML('<img width="240" height="240" src="https://sdl-stickershop.line.naver.jp/products/0/0/1/1068284/LINEStorePC/main.png?__=20150924"></img>');
  // ↑width, heightを指定しないと親divからはみ出してしまう
  rosen.setSectionPopup(7180210, hinode_popup, true);

  $('body').on('click', '.popup_hinode .leaflet-popup-content', function() {
    alert("こんにちは、ぼくまちなみくん");
  });
};

window.addEventListener('load', init);
.popup_tokyo .leaflet-popup-content-wrapper { background: pink; }
.popup_tokyo .leaflet-popup-tip             { background: pink; }

.popup_hinode .leaflet-popup-content-wrapper { opacity: 1; border-radius: 0; box-shadow: none; padding: 0; background: none; }
.popup_hinode .leaflet-popup-tip             { opacity: 0; }
.popup_hinode .leaflet-popup-content          { opacity: 1; margin: 0; cursor: pointer; }